# 许可证与适用范围

自有代码沿用 MIT；自有 DeepHVI 分类器、预训练模型和投影权重也明确适用根目录的 MIT 许可，仅涵盖作者持有的权利。MIT 允许使用、修改、再分发和商业使用，要求保留版权与许可声明。

第三方组件分别保留原许可，不统一改成 MIT：

| 内容 | 许可或状态 | 发布时保留的信息 |
| --- | --- | --- |
| DeepHVI 自有代码及模型权重 | MIT | 根目录 LICENSE |
| TMO-Net 兼容代码 | MIT | `src/deephvi/compat/LICENSE.TMONet` |
| ESM-2 编码器与 tokenizer | 模型卡标注 MIT | 模型卡、来源链接及 [完整上游许可](licenses/LICENSE.ESM2) |
| LucaProt | 本地原始 LICENSE 为 Apache-2.0；当前不发布该代码和权重 | 将来纳入时保留原 LICENSE、NOTICE、适用组件声明，并标明修改 |
| UniProt 数据库中可受版权保护的内容 | CC BY 4.0 | UniProt 署名、来源、许可链接和处理说明 |
| HVIDB 相互作用记录 | 多个公开数据来源的汇编；未标明统一的数据许可证 | 保留 HVIDB、相关原始数据库及文献的来源和引用，不以项目 MIT 许可重新授权 |

在第三方底座上微调产生的权重，也需要遵守该底座的条款。自有训练代码、额外训练工作或重新打包不能消除上游义务。MIT 与 Apache-2.0 组件可以在同一项目使用，但须按各自条款保留声明；不需要为了使用 LucaProt 就把所有独立自有代码改成 Apache-2.0。

## 数据来源与署名

DeepHVI 数据由公开数据库资料整理而来：通过 HVIDB 获取人类—病毒相互作用记录，再根据蛋白标识符匹配 UniProt 蛋白序列，完成配对整理和特征计算。HVIDB 本身汇集多个公开数据来源，其[官方配对文件](https://zzdlab.com/hvidb/download/HVIDB_PPIs.txt)包含 `Source_Database` 和 `Pubmed_ID` 字段，用于追溯原始数据库与文献。

- **HVIDB**：保留数据库名称、[官网链接](https://zzdlab.com/hvidb/)及[数据库论文引用](https://doi.org/10.1093/bib/bbaa425)。公开页面和配对文件未标明统一的数据许可证；本项目不为 HVIDB 汇编或其上游内容另行指定 MIT、CC BY 等许可。
- **UniProt**：其数据库中可受版权保护的内容采用 [CC BY 4.0](https://www.uniprot.org/help/license)。保留 UniProt 署名、来源与许可链接，并说明 DeepHVI 进行了 ID 匹配、配对整理及特征处理。
- **派生数据文件**：代码和自有模型的 MIT 许可不替代外部数据的适用条款。使用数据时请引用 DeepHVI、HVIDB 和 UniProt，并保留已有的上游来源信息。公开可获取描述的是数据来源，不代表所有来源采用相同许可证。

完整来源和构建说明见[数据文档](data.md)。本项目以来源说明、引用和适用上游条款记录数据归属，不将联系 HVIDB 或取得单独确认列为仓库发布的前置流程。